Henry Mills vit le jour à 8H15, dans l'une des prisons de Phoenix, en Arizona, aux Etats-Unis. Comment se fait-il qu'il soit né en prison me demandez-vous ? Et bien tout simplement parce que sa mère, Emma, alors âgée de 18 ans à l'époque, était impliquée dans une histoire de vol de montres. Mais c'est une autre histoire qu'Emma vous racontera. Henry fut donc séparé de sa mère qui ne voulait pas le garder, pour lui donner ses meilleures chances de grandir dans une famille qui l'aimerait. Elle ne se sentait pas encore prête à être mère. Henry finit donc en orphelinat, à Boston. Et à l'âge de trois semaines, il est enfin adoptée par une jeune mère célibataire, du nom de Regina Mills. Il arrive alors dans le Maine, dans la ville de Storybrooke, où sa mère adoptive connait des débuts difficiles, n'arrivant pas à l'apaiser lorsqu'il pleure et voulant même le rendre à l'orphelinat de Boston, se ravisant au dernier moment.

Henry grandit donc à Storybrooke, sans vraiment connaitre de grandes aventures. C'est un enfant plutôt solitaire, qui ne s'ouvre pas aux autres. Et pour remédier à ce problème, son institutrice, Mary Margaret Blanchard, lui offre alors un livre de conte de fées, espérant qu'il s'ouvrirait ainsi plus aux autres. Mais dès lors qu'il commence à lire le livre, intitulé Once Upon A Time, il se rend compte que quelque chose cloche : chaque habitant de la ville de Storybrooke ressemble étrangement aux personnages de son livre. Il décide donc de le lire jusqu'au bout et découvre, avec horreur, que l'histoire est vraie... La méchante sorcière de Blanche-Neige, sa mère adoptive, a envoyé tous les personnages de contes de fées dans la vie réelle...

Convaincu que tout cela est bien réel, il recherche donc sa mère biologique, Emma, la fille de Blanche-Neige et du prince Charmant, et la retrouve grâce à internet et à la carte de crédit qu'il a volé à son institutrice. Il va donc rejoindre Boston, où vit Emma et va la retrouver le jour de son 28 ème anniversaire, la convaincant facilement de le ramener à Storybrooke. Dans la voiture, il continue de lire son histoire, et Emma l'interroge. Le garçonnet lui révèle alors qu'il existe une ville dans le Maine où tous les personnages des contes de fées se retrouvent mais ne se rappellent pas de qui ils sont. Et ils précise qu'elle-même se trouve dans l'histoire, puisqu'elle est en réalité la fille de Blanche-Neige et du Prince Charmant. Mais la blondinette ne veut pas le croire.

Si au départ Emma voulait immédiatement partir de Storybrooke, ne voulant pas s'attacher à Henry, l'enfant fait un "deal" avec elle : elle reste une semaine pour constater les faits. Emma reste donc, faisant le bonheur d'Henry qui va tenter de la connaitre, de savoir pourquoi elle l'a abandonné et va tout faire pour lui faire prendre conscience de la malédiction. Mais il semblerait que l'obstination d'Emma soit un "truc" de famille...

Il y eût alors l'arrivée d'August en ville. Or, Henry savait très bien qu'à cause de la malédiction, personne, sauf Emma et lui, ne pouvait sortir de la ville et y entrer sans connaitre de malheur. Henry continua donc son opération Cobra, qu'il avait laissé tomber à la mort de Graham, alias le Chasseur. C'est à cette époque qu'une tempête détruit son château fort, l'endroit où il cachait son livre, pour ne pas que Regina ne tombe dessus. Il perdit donc son livre et Emma lui promit de le retrouver. Chose qu'elle fit bien évidemment... Mais une nouvelle histoire avait été ajoutée : celle de Pinocchio... Henry ne comprit pas de suite le message, mais son enquête vis-à-vis d'August redoubla d'intensité... Jusqu'au jour où Regina voulut en finir avec Emma...

Ce jour là, la blondinette disait vouloir quitter la ville. Henry était déçu : parce qu'il avait échoué à montrer la vérité à sa mère. Il remarqua alors que Regina avait offert un chausson aux pommes à Emma et il l'alarma sur le fait que les pommes étaient empoisonnées. Emma ne voulut pas le croire et Henry croqua donc la pâtisserie, pour démontrer ses dires. Il tomba donc inconscient, victime du charme du sommeil de la méchante reine. C'est Emma qui parvint à la sauver de la mort, en l'embrassant sur le front, d'un baiser d'amour véritable.

La malédiction fut donc rompue et tous les personnages des contes de fées retrouvèrent leur vie d'antan. Henry pût donc retrouver sa vraie famille et Emma resta avec eux, à Storybrooke... Du moins, avant qu'un spectre venu du pays des contes de fées ne la fasse passer à travers un chapeau magique, et que Mary Margaret ne la suive, ne voulant pas l'abandonner une seconde fois.

Henry resta donc avec David, remettant l'opération Cobra au goût du jour. Les deux garçons cherchent donc un moyen de ramener Mary Margaret et Emma à Storybrooke et David va jusqu'à se sacrifier, avec le charme du sommeil, convaincu que sa femme le retrouvera. Ce qui arrive effectivement...

Emma et Mary Margaret reviennent donc dans la ville mais tout le monde doit faire face à un nouveau problème : le capitaine Crochet et Cora, la mère de Regina débarquent eux aussi. Les adultes mettent donc Henry en sécurité et alors qu'ils sont sur le point d'en finir avec Cora, c'est Gold qui vient demander un service à Emma : elle doit l'accompagner chercher son fils à New York. Emma accepte, à condition qu'Henry ne vienne avec eux, ne voulant pas le laisser seul avec la menace de Cora. Gold accepte et les voilà donc en route à New-York.

Là-bas, Emma fait face à son passé en retrouvant Neal, qui est en réalité Baelfire, le fils de Rumplestiltskin. Henry comprend rapidement que Neal n'est autre que son père et il se met à s'en vouloir à Emma, qui lui a menti, nouant des liens avec son père. Ils finissent par revenir à Storybrooke, avec la fiancée de Neal, Tamara...

Tout aurait très bien pû se passer. Mais il semblerait qu'être le fils de la Sauveuse ne soit pas de tout repos. En effet, a peine Henry est-il arrivé à Storybrooke qu'il se fait enlever par Tamara et Greg, qui veulent en réalité détruire la magie. Henry se voit obligé de sauter à travers un portail magique, et il se retrouve maintenant au pays imaginaire... Mais il est sûr et certain que ses parents vont venir le chercher. Car ils se retrouvent toujours...